La fermentación prolongada de la masa madre descompone el gluten y otras proteínas, lo que facilita la digestión. Las bacterias beneficiosas presentes en la masa madre pueden ayudar a equilibrar la flora intestinal.

El pan de masa madre tiene un índice glucémico más bajo que el pan normal, lo que significa que causa un aumento más lento y menor en los niveles de azúcar en la sangre.

El pan de masa madre tradicionalmente se elabora con ingredientes simples y naturales, sin la necesidad de aditivos y conservantes que a menudo se encuentran en el pan comercial.

Algunos estudios sugieren que los productos fermentados, como el pan de masa madre, pueden tener efectos antiinflamatorios debido a la presencia de ácidos lácticos y otros compuestos bioactivos.

El pan de masa madre tiende a mantenerse fresco por más tiempo sin necesidad de conservantes artificiales debido a los ácidos naturales que inhiben el crecimiento de moho.

La fermentación de la masa madre reduce los fitatos en los granos, que pueden inhibir la absorción de minerales como el hierro, el zinc y el magnesio. Esto facilita que el cuerpo absorba más nutrientes de los ingredientes del pan.